مبارزه امام خمینی (س) قبل از انقلاب اسلامی علما به رهبری حضرت امام خمینی (س) که متوجه خطر شده بودند از هر سو با تلگراف، سخنرانی و اعلامیه مخالفت خود را ابراز داشتند. ایشان در سخنرانی خود فرمودند: «...اینجانب حسب وظیفه شرعیه به ملت ایران و مسلمین جهان اعلام خطر می‌کنم، قرآن کریم و اسلام در معرض خطر است. استقلال مملکت و اقتصاد آن در قبضه صهیونیست‌ها است که در ایران به (صورت) حزب بهائی ظاهر شدند و مدتی نخواهد گذشت که با این سکوت مرگبار مسلمین، تمام اقتصاد این مملکت را با تأیید عمال خود قبضه می کنند و ملت مسلمان را از هستی در تمام شئون ساقط می کنند ...» (صحیفه نور جلد 1 صفحه 56) امام خمینی (س) در سال 42 نیز طی پیامی خطاب به علمای یزد صریحاً از تسهیلاتی که دولت عَلَم برای کنفرانس ضد اسلامی بهائیان در لندن منظور کرده بود انتقاد کرده و اشاره می‌کند: «بسیاری از پستهای حساس به دست این فرقه (بهائیت) است که حقیقتاً عمال اسرائیل هستند.» (همان منبع صفحه 44) امام درباره اصول انقلاب سفید شاهنشاهی نیز معتقد بود که برخی از اصول آن نظیر تساوی مطلق حقوق زن و مرد نشأت گرفته از رأی عباس افندی است. (همان منبع صفحه 56) و در یک سخنرانی با توجه به خروج دو هزار نفر از بهائیان ایران با عنایت و تخفیفات ویژه دولت برای شرکت در همین جلسه می‌فرمایند: «دو هزار نفر با کمال احترام، با دادن پانصد دلار ارز به هر یک، پانصد دلار از مال این ملت مسلم به بهائی داده‌اند، ارز داده‌اند، به هر یک هزار و دویست تومان تخفیف بلیط هواپیما. چه بکنند؟ بروند در جلسه ای که بر ضد اسلام در لندن تشکیل شده است شرکت کنند.» و در جای دیگر با ذکر همین ماجرا از تخفیف 25 میلیونی شرکت نفت به ثابت پاسال، بهائی معروف سخن به میان می‌آورند و می‌گویند: « این وضع ارز مملکت ما، این وضع هواپیمایی ما، این وضع وزیر ما، این وضع همه ما، سکوت کنیم باز؟ هیچ حرف نزنیم؟ حرف هم نزنیم؟ ناله هم نکنیم؟ ...» باز در همان سال (1341) امام روحانیت را دعوت به اعتراض علیه سیاستهای شاه نمود هچنین می‌گویند: «این سکوت مرگبار اسباب این می‌شود که زیر چکمه اسرائیل به دست همین بهائی‌ها، این مملکت ما، نوامیس ما پایمال شود. وای بر این ما، وای بر این اسلام، وای بر این مسلمین، ای علما ساکت ننشینید.» (همان منبع صفحه 12) سرانجام رژیم و دولت علم در تنگنا قرار گرفتند و مجبور به لغـو تصویب نامه مذکور شدندو در تاریـخ 7/9/1341 شبانه در جلسه خود آن را غیر قابل اجرا دانستند. ولی قائد بزرگ حضرت امام خمینی (س) این را کافی ندانست و فرمودند موضوع از طرف دولت در جرائد رسمی کشور اعلام و منتشر گردد. دولت برای خاموش کردن احساسات پاک دینی مردم ناگزیر شد که با این نیز تن در دهد، از این رو به دستور دولت در روزنامه‌های عصر تهران در روز 10/9/1341 با تیتر درشت نوشتند: «تصویب نامه مورخه 14/7/1341 قابل اجرا نخواهد بود.» به این ترتیب مراجع تقلید و امام خمینی (س) و مردم به پیروی از آنها با اعتراض های خود یکبار دیگر فرقه بهائیت را در اوج قدرت خود شکست دادند. (محمد محمدی اشتهاردی صفحه 145 و 146) بالاخره رژیم که تاب مقابله با امام را نداشت در آبان 1343 ایشان را بازداشت و به ترکیه تبعید کرد. بعد از تبعید امام، شرایط برای نفوذ بهائیان به حکومت راحت شد بطوریکه در همان سال هویدای بهائی به مدت حدود 13 سال نخست وزیر شد و 9 وزیر بهائی را به کابینه خود راه داد. (زاهد زاهدانی صفحه 292) مبارزه امام خمینی (س) بعد از انقلاب اسلامی مبارزات امام خمینی (س) بدلیل داشتن تفکر ضدّ امپرالیستی و ضد صهیونیستی تا پیروزی انقلاب اسلامی و بعد از آن هم ادامه پیدا می‌کند. قبل از پیروزی انقلاب در دیماه سال 1357 یعنی زمانی که دیگر تقریباً پیروزی ملت بر دولت شاه قطعی شده بود، «دکتر کوکلر رفت» استاد دانشگاه روتگرز آمریکا با امام خمینی (س) مصاحبه ای در مورد بهائیان انجام داده است. وی در این مصاحبه سئوال می کند: «آیا برای بهائیان در حکومت آینده، آزادی آزادی‌های سیاسی و مذهبی وجود دارد؟» حضرت امام در پاسخ می‌فرمایند: «آزادی برای افرادی که مضر به حال مملکت هستند داده نخواهد شد.» و در سؤالی دیگر می‌پرسد: «آیا آزادی‌هایی برای مراسم مذهبی آنها داده خواهد شد؟» در پاسخ امام می‌فرمایند: «خیر» چنانچه پیش از این نظریات امام بیان شد، ایشان بهائیت را به عنوان یک حزب و نه یک مذهب و وظیفه آنهم جاسوسی برای اسرائیل می‌دانستند. (همان منبع صفحه 276 و 277) پس از انقلاب در سال 1362 به دلیل محرز شدن جاسوسی عده‌ای از سران این تشکیلات در شهرهای مختلف کشور و نیز کمک به تثبیت نظام شاهنشاهی و حیف میل اموال بیت المال مسلمین و سرازیر کردن بیت المال به جیب صهیونیستها در پیش از انقلاب، تعدادی از آنان دستگیر و پس از محاکمه توسط دادگاه های انقلاب اسلامی به حبسهای متفاوت و نیز تعدادی به اعدام محکوم شدند. در مقابل این احکام، دولت آمریکا که در حقیقت حامی اصلی آنان به حساب می آمد، عکس العمل نشان داد و رئیس جمهور وقت آمریکا به این احکام اعتراض نمود. در پاسخ آن حضرت امام خمینی (س) سخنانی به شرح زیر ایراد نمودند: «نمی‌دانم که در بعضی از رادیوها که پخش کردند، صحبت رئیس جمهور آمریکا را ملاحظه کردید که ایشان از همه دنیا استمداد کردند برای اینکه بهائی هایی که در ایران هستند و مظلومند و جاسوس هم نیستند و به جز مراسم مذهبی به کار دیگر اشتغال ندارند و ایران برای همین که اینها مراسم مذهبی‌شان را بجا می‌آورند 22 نفرشان را محکوم به قتل کرده‌اند؛ ایشان از همه دنیا استمداد کرده که اینها که جاسوس نیستند، اینها یک مردمی هستند دخالت در هیچ کاری ندارند و روی انسان دوستی ایشان این مسائل را می‌گویند. اگر ایشان این مسائل را نمی‌گفت، خوب ما گاهی اذهان ساده احتمال می دادند که خوب اینها هم یک مردمی هستند که ولو اعتقادشان فاسد است لکن مشغول کار خودشان هستند و مشغول عباداتی که به نظر خودشان عبادت است مثلاً هستند و حال آن که در آن نظر هم نبودند. لکن بعد از آن که آقای ریگان گفته‌اند شهادت دادند به این که جز مراسم مذهبی چیز دیگری ندارند بازهم می‌توانیم باور کنیم ... اگر اینها جاسوس نیستند شما صدایتان در نمی‌آمد. شما برای خاطر اینکه اینها دسته‌ای هستند که به نفع شما هستند. و الا شما را می‌شناسیم، آمریکا را می‌شناسیم که انسان دوستی‌اش گل نکرده است که حالا برای خاطر 22 نفر بهائی که در ایران به قول ایشان گرفتار شدند، برای انسان دوستی یک وقت همچو صدا کرده و فریاد کرده و به همه عالم متشبث شده است که به فریاد اینها برسید ... اگر دلیلی ما نداشتیم به اینکه جاسوس آمریکا هستند جز طرفداری ریگان از آنها و دلیلی نداشتیم که حزب توده جاسوس هستند جز طرفداری شوروی از آنها، کافی بود. لکن ما به شما بگوئیم نه حزب توده را به واسطه حزب توده بودنش و نه بهائی را به واسطه بهائی بودنش این محاکم ما محکمه کردند و حکم به حبس دادند. اینها مسائل دارند. حزب توده را خودشان آمدند همه حرفهایشان را زدند و سابقه دارند. اینها بهائی یک مذهب نیستند، یک حزب هستند، یک حزبی که در سابق انگلستان پشتیبانی آنها را می‌کرد و حالا هم آمریکا دارد پشتیبانی می‌کند. اینها هم جاسوس اند مثل آنها. اگر جاسوس نباشند خوب بسیاری از مردم دیگر هم هستند که اینها انحـراف عقیدتی دارند، کمونیست هستند، چیزهای دیگری هستند.؛ لکن مردم و محاکم ما به واسطـه کمونیست بودن آنها یا انحراف عقیده داشتن آنها، آنها را نگرفتند و حبس بکنند ...» (صحیفه نور جلد 17 صفحه 266 و 267) در نتیجه می‌توان گفت که از دیدگاه حضرت امام(ره)، بهائیت با سازمان خود در ایران به جاسوسی برای اسرائیل یعنی بزرگ‌ترین دشمن مسلمانان در منطقه مشغول بوده است و در اساس برای شکستن مذهب شیعه و روحانیت بوجود آمده بود و مبارزه امام پیش از قیام خرداد 42 و پس از آن تا انقلاب اسلامی و بالاخره بعداز انقلاب بر همین دیدگاه بوده است.